Sanan suppeassa ja vakiintuneimmassa merkityksessä eugeniikalla tarkoitetaan 1900-luvun alussa ennen toista maailmansotaa Euroopassa ja Yhdysvalloissa vaikuttanutta liikehdintää ja ajattelutapaa, jossa pyrittiin geneettisesti parantamaan ihmislajia pakkosteriloimalla "epäkelpoja yksilöitä", ja rohkaisemalla haluttuja geneettisiä ominaisuuksia omaavien ihmisyksilöiden lisääntymistä. Tällaista menettelyä on täysin mahdotonta yhteensovittaa suvaitsevaisuuden, humanismin ja tieteellisyyden varaan rakentavan transhumanismin kanssa, eivätkä transhumanistit siis alkuunkaan kannata eugeniikkaa, johon lähtökohtaisesti sisältyy sosiaaliluokkaistavaa, rasistista ja ylhäältäpäin heikoiksi tai epäkelvoiksi luokiteltuja sortavaa ajattelua. Ylipäätänsä sekin eugeniikan lähtöoletus, että ihmislajia voitaisiin valikoidun lisääntymisen kautta kehittää paremmaksi mielekkäällä aikajänteellä, on hyvin kyseenalainen.

Transhumanistit vaalivat kehollisen itsemääräämisoikeuden ja lisääntymisvapauden (engl. procreative liberty) periaatteita. Vanhempien pitää saada itse valita, lisääntyvätkö, miten lisääntyvät, ja mitä teknologia-avusteisia keinoja mahdollisesti käyttävät lisääntymisessään. Geenilääketieteen ja sukusoluvalinnan käyttö terveen, onnellisen ja monilahjakkaan lapsen saamisen todennäköisyyden kasvattamisessa on usein vastuullinen ja oikeutettu tapa vanhempien soveltaa lisääntymisvapauttaan.

Tämän lisäksi voidaan esittää perusteita kannalle, jonka mukaan vanhemmilla olisi moraalinen velvollisuus lasta kohtaan tietyssä määrin käyttää edellä mainitun kaltaisia menetelmiä, jos ne ovat turvallisia ja toimivia. Aivan kuten olisi vanhemmilta väärin olla käyttämättä hyviä saatavilla olevia lääketieteellisiä keinoja sairaan lapsen hoitoon, olisi eettisesti kyseenalaista olla etukäteen huolehtimatta siitä, etteivät turhaa kärsimystä aiheuttavat onnettomuudet lasta kohtaa, mikäli tällainen huolehtiminen on mahdollista. Tällaiset valinnat on kuitenkin parasta jättää vanhempien itsensä omantunnon varaan, tarkan lailla säätämisen ja pakottamisen sijaan. (Äärimmäisissä ja epätavallisissa tapauksissa on kuitenkin syytä puuttua siihen, miten ihmisyksilöt lisääntymisvapauttaan soveltavat; tällainen olisi esimerkiksi tilanne, missä vanhemmat aikoisivat geenisuunnitella lapsensa siten, että uudelle yksilölle koituisi selvää poikkeuksellista haittaa ja kyseisen yksilön mahdollisuudet elämässään muotoutuisivat hyvin rajoittuneiksi. Puuttuminen olisi tällöin verrannollista siihen, kuinka viranomaisten toimesta huostaanotetaan kaltoinkohdeltuja lapsia.)

Lisääntymisvapautta puoltava suhtautuminen on yhteensopivaa sen näkemyksen kanssa, että valtiot voivat tukea vanhemmuutta ja subventoida julkista terveydenhuoltoa, geneettistä neuvontaa, ehkäisypalveluja, abortteja ja geeniterapiaa siten, että ihmiset voivat oman tahtonsa pohjalta tehdä vapaita ja valistuneita lisääntymispäätöksiä, jotka epäilemättä johtaisivat siihen että tulevat sukupolvet ovat terveempiä ja kykenevämpiä onnelliseen elämään. Termejä valitettavasti sekoittavalla tavalla jotkut käyttänevät tällaisestakin eugeniikka-sanaa, mutta tästä huolimatta transhumanistit eivät pidä kovin eettisenä, jos monet tulevat ihmisyksilöt heiltä itseltään kysymättä pakotetaan syntymästään saakka omaamaan vammoja, jotka korostuneella tavalla rajoittavat terveyttä tai mahdollisuuksia onnellisuuteen. Vanhempia ei ole syytä pakottaa neutraaliin ja sivussa seisoskelevaan suhtautumiseen tällaisten vammojen syntymiseen liittyen sen enempää, kuin heitä on syytä pakottaa olla puuttumatta asiaan jos lapsensa on vaarassa joutua esimerkiksi vammoja aiheuttavaan auto-onnettomuuteen.

Lapsien geneettisen parantelun eettisyyttä pohdittaessa on hyödyllistä erottaa toisistaan seuraavat kaksi modifikaatiotyyppiä: muutokset, jotka tarjoavat uudelle yksilölle jonkinlaisen kilpailuedun enemmän tai vähemmän muiden yksilöiden kustannuksella, ja muutokset, joista kaikki hyötyvät tai jotka eivät ainakaan ole kenenkään toisenkaan kannalta erityisen haitallisia. Esimerkiksi yleistä terveydentilaa ja elinkykyä parantavat muutokset tyypillisesti kuuluvat tähän jälkimmäiseen yleishyödylliseen luokkaan, kun taas esimerkiksi urheilullisia erityisominaisuuksia, pituuskasvua tai seksuaalista vetovoimaa tehostavien muutosten voidaan sanoa lähinnä vain parantavan yksilön kykyä kilpailla muita yksilöitä vastaan. Rajanveto näiden kahden muutostyypin välillä on kyllä usein erittäin vaikeaa, mutta joka tapauksessa on kuitenkin syytä pitää arvossa sitä periaatetta, että uusia yksilöitä ennemmin paranneltaisiin kaikkia hyödyttävillä tavoilla, eikä tavoilla jotka voisivat aiheuttaa epätasa-arvoisuutta. (Tosin jos kaikille pystytään tarjoamaan yhtäläiset mahdollisuudet tehdä valintoja jälkeläistensä genomin suhteen — mihin onkin syytä pyrkiä — ei tämä eriarvoisuusproblematiikka muodostune yhtä korostuneeksi kuin toisenlaisessa tilanteessa.)

Joskus väitetään, että sukusoluvalinta- ja geenimanipulaatiotekniikoiden kehittynyt käyttö johtaisi ihmisyksilöiden ominaisuuksien ei-toivottuun yhdenmukaistumiseen. Tietynlaisten erojen tasoittumista onkin odotettavissa, jos esimerkiksi haluamme että kaikilla on mahdollisuus olla synnynnäisesti terveitä, vahvoja, älykkäitä ja viehättäviä, mutta harva kuitenkaan lienee tosissaan sitä mieltä, että esimerkiksi kystisen fibroosin kaltaiset sairaudet olisi syytä nähdä yhtenä säilytettävänä monimuotoisuuden ilmentymänä. Moinen kanta olisi olennaisesti sama kuin näkemys, jonka mukaan luunmurtumia ei saisi hoitaa koska hoito yhdenmukaistaisi kaikkia ihmisiä elinkykyisemmiksi. Samoin esimerkiksi älykkyyden ja viehättävyyden kieltäminen osalta väestöä olisi hyvin epätasa-arvoista, eikä ole syytä pelätä että positiivinen monimuotoisuus siihen loppuisi, jos tällaiset ominaisuudet kaikille sallittaisiin. Päinvastoin, jos geenimanipulaatiossa jossain vaiheessa päästään sille tasolle, että tällaisiin ominaisuuksiin pystytään kunnollisesti vaikuttamaan, mahdollistunevat samalla myös monet aivan uudenlaiset ominaisuuskokoelmat, varsinkin sitten kun aikuistenkin kehoja pystytään muokkaamaan heidän omien esteettisten mieltymystensä mukaisesti.

Vaikuttaa kuitenkin hyvin mahdolliselta, ettei sukusolujen muokkaukseen perustuva geenimanipulaatio saa koskaan aikaan mitään mullistavan merkittävää. Nykyisenkaltaisilla kehityskuluilla kestää nimittäin kaikkein äärimmäisiempienkin minimiarvioiden mukaan vähintään puoli vuosisataa ja todennäköisesti olennaisesti kauemmin, ennen kuin nämä teknologiat on kunnollisesti kehitetty, testattu ja laajasti sovellettu, ja ennen kuin merkittävä määrä muunneltuja yksilöjä syntyy ja kasvaa aikuisiksi. Näitä vaiheita aiemmin on useiden mielestä todennäköisesti jo saatavilla tehokkaampia ja suorempia menetelmiä ihmisten vaikuttaa perusominaisuuksiinsa, esimerkiksi vahvan nanolääketieteen ja muiden molekulaarisen nanoteknologian mahdollisuuksien kautta. (Yksilöiden lisääntymismahdollisuuksien erilaistamiseen perustuvan eugeniikan taasen olisi vieläkin mahdottomampaa saada mitään merkittävää aikaiseksi ennen kuin em. teknologiat ehtivät edelle, sillä eugeniikka vaatisi lukuisia sukupolvia ennen tavoittelemiensa parannusten mahdollista realisoitumista.)